La historia del Hospital de Puerto Montt es tan antigua como la fundación de la ciudad y se remonta a 1853, junto con los albores de la colonización alemana. Entre las ordenanzas para organizar la incipiente localidad se decretó destinar un lugar para la atención y cuidado de los enfermos, levantándose para dicho fin una barraca ubicaba en las actuales calles Benavente con Pedro Montt.

La instalación sanitaria era de construcción muy precaria, por lo que en 1856 se edificó otro inmueble en calle Chillán, capaz de albergar a cuatro pacientes. Por la extensión del plano urbano de la ciudad, en 1864, el recinto es demolido y se pide colaboración a los vecinos para construir un nuevo hospital. Mientras se esperaba esta habilitación se acomodó un hospicio en la casa conventual San José.

En 1872 se termina de construir el Hospital de la Caridad, ubicado en calle Egaña con diagonal Germania, pero no es sino hasta 1875 que comienza a funcionar como tal. Antes se utilizó como teatro al no presentar todas las condiciones necesarias. Ese año llegan las Hermanas de la Caridad Cristiana y en1876 el hospital contaba con cuatro camas.

En 1942 se describe de esta forma:

«Es un amplio edificio de arquitectura moderna que se proyectó teniendo en cuenta todos los adelantos en materia de construcción hospitalaria. En el primer cuerpo del edificio de dos pisos se encuentra ubicada la comunidad religiosa, la capilla, los consultorios externos, el pensionado y los servicios administrativos. En el segundo cuerpo del edificio de tres pisos estaban los servicios de hospitalización de enfermos con todos sus anexos. Su distribución es la siguiente: Medicina en el primer piso, maternidad y niños en el segundo, y cirugía en el tercero. Es un Hospital de tipo B con capacidad para 200 enfermos.

Cuenta con servicios completos de medicina, cirugía, maternidad, pediatría, oftalmología, otorrinolaringología y urología. El pensionado tiene capacidad para 30 enfermos.

Los servicios de hospitalización se complementan con consultorios externos  para la atención ambulatoria de los enfermos y además con los siguientes servicios: farmacia, rentística, radiología, laboratorio clínico, anatomía patológica, fisioterapia y dietética. Se destacan por su moderna dotación de pabellones de operaciones que se complementan con una sala de ortopedia y una de endoscopía. Los diferentes servicios técnicos son atendidos por 14 médicos, un dentista, una farmacéutica, dos matronas, dos enfermeras, una visitadora social y dos dentistas, además de numeroso personal auxiliar compuesto de practicantes, auxiliares y laborantes.

Prestan sus servicios en el recinto 10 abnegadas religiosas de la Inmaculada Concepción que, con ejemplar dedicación, atienden los servicios de cocina, lavandería, ropería, etc., teniendo a su cuidado además el orden, el aseo y la moralidad en el establecimiento».

Este Hospital fue dañado por el terremoto de 1960 y contaba entre sus directores al Dr. Juan Hollstein, quien lideraba el equipo humano en el momento del siniestro. El Hospital de calle O’Higgins fue abandonado el 11 y 12 de febrero de 1972, para ocupar el sitio actual en la calle Seminario.

En febrero de 1972 se inauguró el Hospital Base de Puerto Montt, con capacidad para 440 camas. En 1980 se construyó el pabellón de especialidades, incorporando la neonatología, otorrinolaringología y oftalmología a las prestaciones hospitalarias y abiertas.  Esto se financia con Fondos de Desarrollo Regional y Se construyeron 1050 metros cuadrados.

En 1980 se construyó el Pabellón de Especialidades, incorporando la Neurología, Otorrinolaringología y Oftalmología como prestaciones de atención cerrada y abiertas.

En 1994 se inició la construcción del block quirúrgico, con fondos del Banco Mundial. Este edificio fue entregado en 1996, con un área cercana a los 6 mil metros cuadrados. La instalación se destinó a urgencias diferenciadas de adultos, niños y maternal, residencias médicas y esterilización. En el segundo piso se construyó la maternidad y la UTI neonatal y pediátrica, mientras que el tercer piso se designó para la UTI de adultos y los pabellones quirúrgicos, la sala de post- operados e inmediatos.

En el año 2005 el Hospital instaló su primer Scanner.

En el año 2006 se dio inicio a un proceso de cambio en la gestión interna del establecimiento, reorganizando los servicios clínicos para avanzar en la creación de centros de responsabilidad. En el año 2007, se ponen en marcha estos CR, como una primera etapa en la implementación del nuevo Modelo de Gestión del establecimiento. Comienza a desarrollarse la normalización del Proyecto Nuevo Hospital Puerto Montt.

Durante el 2008 se trabaja en un sistema de unificación de la información, a través de una Plataforma y Soporte Informático que permita ingresar información de cada uno de los Centros de Responsabilidad y de Costo. En el año 2009 se desarrollan los polos hemodinámicos y neuroquirúrgicos, establecidos dentro de la visión estratégica del recinto hospitalario. Además, se adquieren los terrenos del nuevo recinto hospitalario, desarrollando la ceremonia de la primera piedra

En el periodo 2009-2013 se desarrolla el proceso de puesta en marcha al nuevo recinto hospitalario, proceso que conlleva la ejecución de planes que permitan el funcionamiento del nuevo recinto.

El 4 de febrero del 2014 se realiza el traslado del área ambulatoria del recinto de seminario al nuevo Hospital.

Para definir el nombre del nuevo recinto hospitalario el equipo de memoria del recinto hospitalario, cita a los representantes de los jubilados del Hospital y funcionarios de todos los estamentos, y a través de la modalidad de focus group se proponen tres nombres de médicos al CORE Consejo Regional, quiénes en conjunto con el Intendente de la Región de Los Lagos Sr. Jaime Brahm definen el nombre del nuevo Hospital.